简单的删除: 新的版本使用git rm就可以删除submodule了。

# 这样删除的submodule会附带删除.gitmodules里面的相关section，但是不会删除
# .git/config 中的配置和 .git/modules 中的文件
git rm <path_to_submodule>
git commit -m "xxxxxxx"

完全清理干净

git submodule deinit <path_to_submodule>
git rm <path_to_submodule>
rm -rf .git/modules/<path_to_submodule>
git commit -m "xxxxxxx"

注: git rm 删除submodule需要git version 1.7.8 or newer

参考文章：